Trường mầm non Hoa Sen tiền thân là Trường Mầm non Phước Long được thành lập theo Quyết định số 762/QĐ-UB-TC ngày 24 tháng 10 năm 1998 của Ủy ban nhân dân Quận 9. Năm 2014 trường được đổi tên thành trường Mầm non Hoa Sen theo Quyết định số 62/QĐ-UBND ngày 06 tháng 6 năm 2014 của Ủy ban nhân dân Quận 9 và tọa lạc tại Khu phố 6, phường Phước Long A. Được sự quan tâm của các cấp lãnh đạo Thành phố, Quận 9 và địa phương, năm 2019 trường được xây mới tại địa chỉ đường Đinh Củng Viên, khu phố 2, phường Phước Long A và đưa vào hoạt động ngày 10 tháng 1 năm 2020. Trường có tổng diện tích là: 3.415,0m2; diện tích sàn xây dựng: 3.560,53m2; diện tích sân chơi: 1.586,1m2, với quy mô 01 trệt 02 tầng lầu; có 14 phòng học và các phòng chức năng phục vụ cho công tác chăm sóc giáo dục cho các cháu.Trường có chi bộ độc lập, giữ vai trò hạt nhân lãnh đạo toàn diện hoạt động nhà trường. Các tổ chức Công đoàn, Ban đại diện cha mẹ học sinh đều hoạt động tích cực, phối hợp góp phần thúc đẩy nhà trường hoàn thành tốt nhiệm vụ.
Trong quá hình thành và phát triển, Trường Mầm non Hoa Sen đã từng bước khẳng định được vị trí, vai trò đối với sự nghiệp giáo dục, văn hóa xã hội của địa phương với rất nhiều thành tích đã đạt được trong từng năm học: Đơn vị văn hóa, Tập thể lao động xuất sắc; là 1 trong những tập thể được tuyên dương đã có những mô hình, công trình, giải pháp hay trong đợt thi đua kỷ niệm 100 ngày và 01 năm thành lập thành phố Thủ Đức; đạt giải III mô hình trường học xanh. Đặc biệt, năm 2021, trường đã được UBND TP. Hồ Chí Minh công nhận Trường mầm non đạt Chuẩn Quốc gia Mức độ 1 và Sở giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh công nhận trường đạt Kiểm định chất lượng giáo dục Cấp độ 2.